Зону терзают участившиеся выбросы, смещая аномальные поля и открывая дороги к ранее недоступным местам. Кланы сражаются за новые территории и ключевые позиции. Сталкеры гибнут, но вслед за ними приходят другие.

Действие игры происходит за год до событий, описанных в "S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl". За год до самого удачного похода Стрелка к центру Зоны – третьего по счету. Мы узнаем о нем и его группе с новой стороны – взглянув на него глазами другого героя.

Впереди ждут новые территории и неизвестные опасности, пространственные дыры и монстры, прячущиеся в тумане, непроглядная темень ночи и спасительные лучи восходящего солнца.
Обходи аномалии и спасайся от выбросов, изучай Зону и собирай артефакты, лечись от облучения и сражайся за одну из группировок! И тогда тебе откроется правда о том, как Стрелок оказался в грузовике смерти и откуда взялась татуировка S.T.A.L.K.E.R. на его руке.